ROCME
La métabolomique en région Occitanie
1 - La métabolomique, une approche innovante
La métabolomique est la plus récente des démarches scientifiques et méthodologiques issues de l’ère post-génomique ayant permis de développer une science plus intégrative. Elle se définit comme la science conçue pour donner le plus large aperçu des petites molécules (métabolites) présentes dans les fluides biologiques, les cellules ou les organismes vivants, et représentant le résultat de l’action des protéines issues de l'expression du génome et de sa régulation dans un environnement particulier (lien génotype x phénotype). En constante évolution, elle se situe au croisement de diverses disciplines telles que la chimie analytique, la bio-informatique, la chimiométrie, les statistiques et la biologie. Les approches de métabolomique sont de plus en plus utilisées pour traiter diverses questions biologiques dans divers domaines stratégiques d'intérêt (Santé, Biotechnologies, Environnement, Alimentation, Agriculture).
2 - Place de la métabolomique en région Occitanie
2.1 Couverture thématique
La métabolomique est un domaine exigeant en termes d'équipements et de compétences interdisciplinaires et complémentaires. Elle repose sur l’utilisation de méthodes spectrométriques de pointe telles que la RMN et la spectrométrie de masse qui permettent d’accéder à une large couverture du métabolome. C’est pourquoi un rapprochement des acteurs en région Occitanie (sous le nom du réseau ROcMe, Réseau Occitan de Métabolomique) est en cours depuis deux ans afin d’identifier les forces et complémentarités de chaque pôle (Figure 1).Figure 1 : Domaines thématiques couverts en région Occitanie
.
2.2 Implantation géographique des sites développant la métabolomique et membre du réseau d’annimation ROcMe
La plateforme MetaToul, principale plateforme de métabolomique en France et partenaire de l’infrastructure nationale en métabolomique MetaboHUB, a joué un rôle moteur dans l’initiation du réseau ROcMe. Ce rapprochement des acteurs en région Occitanie a permis d’identifier le besoin de création d’une plateforme sur Montpellier, la plateforme MAMMA (Montpellier Alliance for Metabolomics and Metabolism Analysis), en cours de création.
Si les ressources humaines en métabolomique en région Occitanie (regroupant actuellement 43 ETP) sont principalement issues des laboratoires académiques répartis sur les principaux centres Universitaires de la région (Figure 2), plusieurs collaborations sont d’ores et déjà en cours aussi bien avec d’autres équipes régionales (par exemple sur le Centre Universitaire d’Albi) qu’avec des entreprises basées en Occitanie (entre autres Pierre Fabre, Desangosse, Evotec, Physiogenex, AkiNao, Deinove, Microphyt,…) qui font apparaître un maillage des ressources et des compétences sur l’ensemble de la région et pas uniquement ses principales métropoles.
Figure 2 : Carte des sites de compétences en région Occitanie (Carte des sites (en trait plein les plateformes, en trait discontinu les équipes non intégrées à des plateformes) développant la métabolomique en région Occitanie (Toulouse, Montpellier et Perpignan), et entreprises utilisatrices des compétences)
La plateforme MAMMA (Montpellier Alliance for Metabolomics and Metabolism Analysis) est actuellement en cours de création. Elle regroupe 5 plateaux techniques provenant d’UMR différentes: PONTEM (Platform of Non-Target Environmental Metabolomics, Hydrosciences), NEO-PUFAs Platform (IBMM), PACE (Plateforme d’Analyse Chimique en Ecologie, CEFE), METAMONTP Platform (IRMB), PLATON (Platform for Translational ONcometabolomics, IRCM).
3 - Création du réseau ROcMe, un réseau porteur
3.1 Un réseau de collaborations méthodologiques et technologiques
Compte tenu de la diversité d’applications dans les différents domaines scientifiques et la haute technicité garante de résultats de qualité, le développement de la métabolomique dans la Région Occitanie ne peut se concevoir que sous l’angle de la collaboration. En effet, au-delà des outils techniques indispensables (principalement basés sur des méthodes spectrométriques, MS et RMN notamment, des technologies complémentaires d'analyse du métabolisme étant aussi développées), les compétences méthodologiques (plan d’expérience, traitement de données, statistiques, bases de données transversales) et l’expertise scientifique des domaines d’application constituent la base de la mise en œuvre de l’approche métabolomique. C’est pourquoi une animation en réseau apparaît indispensable. Ainsi l’animation de la métabolomique en Région Occitanie par le réseau RocMe a renforcé les échanges sur les méthodologies et les techniques utilisées par les différentes plateformes membres de ce réseau, et cela permettra à terme à une optimisation des services et des moyens disponibles sur le territoire occitan dans les différents domaines scientifiques, alimentera les champs disciplinaires en nouvelles compétences, sera à même d’attirer de nouveaux acteurs et partenaires ainsi que de proposer des expertises, et fournira aux entreprises régionales et laboratoires académiques membres de ce réseau les moyens et les compétences nécessaires pour répondre à leurs problématiques.
En conséquence, nous souhaitons cibler notre action de réseau sur des efforts de formation et de communication pour permettre la formation de différents acteurs, la diffusion de la connaissance, l’orientation des demandeurs vers les partenaires à même de répondre à leurs besoins ou d’imaginer et de construire de nouvelles approches.
3.2 Missions du réseau
Les objectifs du réseau (Figure 3) sont de mutualiser les moyens déjà existants en région et de les développer, favoriser l’accès à de nouveaux utilisateurs afin de voir émerger de nouvelles applications, et capitaliser l’implantation d’approches à haute valeur ajoutée dans différents champs disciplinaires.Pour cela, nous souhaitons maintenir une activité d’échange continu à travers des formations adaptées aux besoins exprimés en Région en articulation avec les actions déjà menées au niveau national par les acteurs majeurs de la métabolomique (Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique et Infrastructure MetaboHUB) de manière à faciliter :
- des échanges scientifiques de haut niveau par l’invitation d’experts reconnus dans leur domaine ;
- l’ouverture d’actions de formation à tout acteur public ou privé intéressé et l’accompagnement de nouveaux développements ;
- le transfert des compétences par l’accueil de chercheurs et d’industriels ou professionnels sur les sites de compétences pour une formation adaptée à leurs besoins.
Figure 3 : Objectifs et cœur des actions du réseau ROcMe
4 - Enjeux et impacts de ROcMe
L’ambition du réseau (qui représente actuellement une centaine de professionnels dans le domaine de la recherche académique) présenté dans ce document est de proposer des actions de formation et de recherche à la fois fédératrices et innovantes sur le plan méthodologique mais également structurante sur le plan thématique. Dans ce contexte, cette structuration, déjà en marche sur le plan fonctionnel, bénéficiera de nouveaux moyens d’excellence en termes d’équipements lourds qui seront accueillis par les plateformes membres, pour donner une assise de très haut niveau et à long terme un nouvel élan autour des thématiques sociétales prioritaires portées par la région Occitanie. Pour optimiser la recherche et l’innovation dans les différents domaines scientifiques régionaux, les acteurs de la métabolomique en Occitanie doivent pouvoir relever plusieurs défis et verrous actuellement au front de science dans le domaine. Il s’agit en particulier d’être capable d’augmenter le débit de nos analyses pour faire face à une demande en forte croissance, d’améliorer les capacités de nos équipements pour mettre en évidence des déséquilibres subtils du métabolisme (par exemple dans le cas de la recherche de biomarqueurs précoces du cancer ou d’autres pathologies) et d’augmenter nos capacités en matière de couverture du métabolome (métabolites polaires, lipides, xéno-métabolome). Le potentiel de développement de la métabolomique constitue une opportunité pour la région Occitanie et son tissu économique de se situer parmi les régions leaders au plan national et international dans un domaine très compétitif, et de favoriser le développement de l’emploi comme le montre la très bonne insertion professionnelle des personnes formées dans nos différents laboratoires. Ce potentiel renforcera le développement de ponts avec la recherche privée et notamment les start-ups implantées régionalement afin de stimuler l’innovation et in fine la création d’emploi dans divers secteurs d’activités.
Les partenaires
